適用本辦法獎勵之民間機構，應自各該交通建設開始營運後，申報有課稅所得者，自申報日起六個月內，其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，自核定日起六個月內，檢具下列文件向財政部申請核定免納營利事業所得稅：
一、公司登記證明文件影本。
二、主管機關核准參與交通建設之文件。
三、目的事業主管機關核發之營業許可證或執照影本。
四、主管機關審核交通建設符合第三條第一項所定免稅獎勵範圍之證明書。
五、申報有課稅所得者，為營利事業所得稅結算申報書收據聯影本；其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，為營利事業所得稅之核定通知書影本。
六、目的事業主管機關查核證明之機器、設備清單；清單上應載明機器設備名稱、性能、用途、廠別、出廠、購入或進口日期、數量、金額。