本基金之收支、保管及運用，應設國土永續發展基金管理會（以下簡稱本會），置委員十一人至十五人，其中一人為召集人，由本部部長兼任之；一人為副召集人，由本部部長指定本部次長兼任之；其餘委員，由本部遴聘有關機關代表、學者及專家擔任。
本會委員任一性別比例，不得少於委員總人數三分之一。
第一項學者及專家，應具備國土計畫、國土保育或相關專業。
本會委員之任期為二年，期滿得續聘之；機關代表職務異動時，應改派代表補足原任期；學者及專家出缺時，應予補聘，其任期至原聘任委員任期屆滿之日止。
本會每六個月開會一次，必要時得召開臨時會議，由召集人召集之；召集人因故不能出席時，由副召集人代理之，召集人及副召集人因故不能出席，由委員互推一人代理之。
本會委員對具有利害關係之會議事項，應自行迴避。