本條例第二十四條第一項第一款所稱投資總額，指按開發主管機關核定之投資計畫實際購置全新供營業使用，且未適用投資抵減之機器、設備及建築物之總額，經扣除政府補助款後之總數額，並以稅捐稽徵機關核定數額為準。

本條例第二十四條第一項第一款所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指抵減稅捐稽徵機關核定之當年度營利事業課稅所得額按所得稅法規定稅率計算之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定之上一年度未分配盈餘按所得稅法規定稅率計算之應加徵稅額。

本條例第二十四條第一項第一款及第二款所稱開始營運，指開發主管機關核定之投資計畫所載完成之日。

本條例第二十四條第一項第二款所稱土地，指依法完成營利事業登記或工廠設立登記，且供該產業直接使用之土地；所定出售原營業使用之土地地價，以該次移轉計徵土地增值稅之地價為準；所定重購土地地價，以該次移轉原所有權人計徵土地增值稅之地價為準。

第一項所定購置，包括向他人購買、融資租賃取得、自行或委由他人製造（含興建），且供自行使用者。

前項所稱融資租賃取得，指公司承租機器、設備或建築物符合下列情形之一：

申請人應於開發主管機關依第三條規定劃定範圍公告後，依下列規定期限擬具投資計畫，送請開發主管機關核定，逾期申請者，不予受理：

前項投資計畫內容應載明下列事項：

申請人應於開始營運後六個月內，檢附購置機器、設備及建築物之相關證明文件，向原核定之開發主管機關申請核發股份有限公司投資於新市鎮特定區適用投資抵減證明（以下簡稱投資抵減證明），屆期未申請者，原核定投資計畫失其效力。

前項投資抵減證明格式，由中央主管機關定之。

申請人得於開始營運後，按下列規定抵減當年度應納營利事業所得稅額，當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：

自依第三條規定公告劃定範圍之日起第十一年以後申請核發投資抵減證明者，不予優惠。

原核定之投資計畫內容有變更時，申請人應於原核定之計畫所載完成日期前，向原核定之開發主管機關申請變更核定。但僅變更第五條第二項第四款規定事項，且變更金額累計未達新臺幣一百萬元者，免申請變更核定，並應於申請核發投資抵減證明時提出說明。

原核定之投資計畫內容有變更，未依前項規定申請變更核定者，開發主管機關應按原核定之投資計畫，就其完成部分，核發投資抵減證明。

開發主管機關核定、變更核定投資計畫或核發投資抵減證明，應副知申請人所在地之稅捐稽徵機關。

申請人申請投資抵減之機器、設備或建築物，以開發主管機關受理投資計畫之日起至開始營運前購置者為限。但申請人於劃定範圍公告後至開發主管機關受理投資計畫前購置全新之公司設立登記建築物，亦得抵減。

前項所定機器及設備之範圍如下：

第一項所定建築物之範圍如下：

申請人應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依財政部規定格式填報投資抵減項目，並檢附投資抵減證明與購置機器、設備及建築物之相關證明文件，送請所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減營利事業所得稅額。

申請人依前項規定應填報或檢附之資料有缺漏，稅捐稽徵機關應通知限期補正，屆期未補正或補正不完全者，稅捐稽徵機關應不予受理。

依本辦法申請適用投資抵減之機器、設備及建築物，於核發投資抵減證明之次日起三年內出售、出租、出借、退貨、報廢、拍賣、失竊、經他人依法收回、變更原使用目的或遷移至依第三條規定公告劃定範圍以外之地區者，申請人應向稅捐稽徵機關補繳各該部分已抵減之營利事業所得稅，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報期限屆滿之次日起至繳納之日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。

機器、設備及建築物因不可抗力之災害或事件致報廢者，不受前項規定之限制，申請人應自事實發生之次日起三十日內，檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查；其未依限報請稅捐稽徵機關派員勘查，而能提出確實證據證明其損失屬實者，仍得檢具損失清單及證明文件，向稅捐稽徵機關申請核實認定。

前項所稱不可抗力之災害或事件，準用所得稅法施行細則第十條之一第一項規定。

土地所有權人於依第三條規定劃定範圍內重購有利於新市鎮發展產業營業所需土地，申請依本條例第二十四條第一項第二款規定退還已納土地增值稅者，應由土地所有權人檢同原出售及重購土地向地政機關辦理登記時之契約文件及合於重購退稅之相關證明文件影本，向原出售土地所在地之主管稽徵機關申請辦理。

重購土地及出售土地不在同一直轄市、縣（市）者，依前項規定受理申請退稅之主管稽徵機關，應函請重購土地所在地主管稽徵機關查明有關資料後再憑辦理；其經核准退稅後，應即將有關資料通報重購土地所在地主管稽徵機關。

重購土地所在地之主管稽徵機關對已核准退稅之案件及前項受通報之資料，應裝冊保管，每年應定期清查，發現重購土地自完成移轉登記起五年內再轉讓或經會同相關主管機關認定改作非獎勵範圍內產業之用途者，應追繳原退還稅款。