自由貿易港區（以下簡稱自由港區）之設置及管理，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律之規定，較本條例更有利者，適用最有利之法律。

前項但書規定，於第七章罰則不適用之。

為統籌自由港區之營運管理，並提供自由港區內所需之各項服務，主管機關應選定適當之機關，報請行政院核定為自由港區管理機關。

前項主管機關所選定之機關，如非其所屬機關者，應徵詢該被選定機關及其上級機關之同意。

國際航空站、國際港口管制區域內、外之公、私有土地管理機關、所有權人或使用人，得擬具開發可行性規劃報告及營運計畫書，送請國際航空站、國際港口之自由港區管理機關初步審核同意，並由主管機關徵詢所在地直轄市、縣（市）政府及財政部之意見，經初步審核同意，並選定自由港區之管理機關及加具管理計畫書後，核轉行政院核定設置為自由港區。

前項土地如需向土地主管機關申請劃設編定為適當用地者，應於提出申請核定自由港區前，先行申請劃設編定。

第一項之公、私有土地管理機關、所有權人或使用人依前項程序提出申請時，各該管理機關應於初步審核時舉行公聽會，聽取民眾之意見，申請案件如不合於申請劃設自由港區之資格、條件或確有管理上之困難者，各該管理機關初步審核，應不予同意。

第一項之使用人，就使用土地申請劃設為自由港區，應取得土地所有權人之書面同意。

自由港區管理機關掌理港區內下列事項：

自由港區管理機關就自由港區內下列事項之管理，應經目的事業主管機關之委任或委託：

自由港區事業僱用外國勞工之工資，應依勞動基準法基本工資限制之規定辦理。

自由港區事業僱用勞工總人數中，應僱用百分之三具有原住民身分者。

未依前項規定足額僱用者，應依差額人數乘以每月基本工資，定期向中央原住民族主管機關設立之就業基金專戶繳納就業代金。

超出第二項僱用規定比率者，應予獎勵；其獎勵辦法，由中央原住民族主管機關定之。

申請經營自由港區事業，應提具營運計畫書、貨物控管、貨物通關及帳務處理作業說明書，連同相關文件，向自由港區管理機關申請入區籌設及營運許可。

前項事業申請入區籌設及營運許可應具備之資格、營運組織型態、申請程序、檢附之文件、各項營運控管作業、帳務處理、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

外國人得向自由港區管理機關申請設立以境外投資為專業之控股公司，不適用外國人投資條例之規定。

國際金融業務分行得辦理前項控股公司之外幣匯兌及外匯交易業務，並適用國際金融業務條例第五條等有關規定。但以各該交易未涉及境內之金融或經貿交易，且未涉及新臺幣者為限。

自由港區事業得進儲之物（貨）品，除下列物（貨）品須於進儲前經各該目的事業主管機關核准或檢附其規定之相關文件外，不受其他法律或其法規命令有關輸入規定之限制：

各目的事業主管機關於公告前項第十款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關。

自由港區事業輸往國外之物（貨）品，除下列物（貨）品於輸往國外前須經各該目的事業主管機關核准外，不受其他法律或其法規命令有關輸出規定之限制：

各目的事業主管機關於公告前項第十二款物（貨）品時，應副知海關及本條例主管機關。

國外貨物進儲自由港區、自由港區貨物輸往國外或轉運至其他自由港區，自由港區事業均應向海關通報，並經海關電腦回應紀錄有案，始得進出自由港區。

自由港區貨物輸往課稅區、保稅區，或課稅區、保稅區貨物輸往自由港區，應依貨品輸出入規定辦理，並向海關辦理通關事宜。

自由港區事業於發貨前向海關通報後，其貨物得在區內逕行交易、自由流通。

前三項之通報或通關，自由港區事業應以電腦連線或電子資料傳輸方式向海關為之。

自由港區事業貨物之通報或通關，得經海關核准辦理按月彙報作業。

自由港區事業貨物之存儲、重整、加工、製造、展覽、通報、通關、按月彙報、自主管理、查核、盤點、申報補繳稅費、貨物流通及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商有關機關定之。

自由港區事業應實施貨物控管、電腦連線通關及帳務處理作業之貨物自主管理。

自由港區事業關於貨物之進儲、提領、重整、加工、製造或遭竊、災損等，應按其作業性質，辦理有關之登帳、除帳、查核銷毀、補繳稅費除帳、稅費徵免及其他與帳務處理相關之自主管理事宜。

自由港區事業、港區貨棧及港區門哨對自由港區事業之貨物控管，應分別按貨物流通作業性質，辦理電子資料傳輸、資料保管、貨物之進儲、提領與異動之通報及其他與貨物控管相關之自主管理事宜。

自由港區事業每年應辦理存貨盤點，並於盤點後一個月內，將盤存清冊及結算報告表送海關備查；必要時，得於期限內申請展延一個月。

自由港區事業依前項規定辦理之盤點貨物，如多於帳面結存數量，應同時於帳冊補登數量；少於帳面結存數量，應同時向海關申請補繳稅費。

自由港區事業自國外運入自由港區內供營運之貨物，免徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。

自由港區事業自國外運入自由港區內之自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。但於運入後五年內輸往課稅區者，應依進口貨物規定補徵相關稅費。

依前二項規定免徵稅捐者，無須辦理免徵、擔保、記帳及押稅手續。

申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間適用前二項規定。

自由港區事業之貨物輸往課稅區時，應依進口貨物或相關規定，課徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。但在自由港區經加工、製造、重整、簡單加工、檢驗、測試者，按運出港區時形態之價格，扣除自由港區內附加價值後核估關稅完稅價格。

自由港區事業銷售勞務至課稅區者，應依法課徵營業稅。

自由港區事業自課稅區運入供營運之貨物及自用機器、設備，視同出口，得依相關法令規定，申請減徵、免徵或退還關稅、貨物稅、菸酒稅及菸品健康福利捐。

自由港區事業自課稅區運入之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，自運入之次日起五年內，原貨復運回課稅區時，免徵關稅；其有添加未稅或保稅貨物者，該添加之未稅或保稅貨物，應課徵關稅及相關稅費。

前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，應仍按原減徵、免徵或退稅稅額補徵。

申請經營自由港區事業取得籌設許可者，於籌設期間自課稅區運入自用機器、設備適用第一項及前項規定。

自由港區事業免稅之貨物、機器、設備，因修理、測試、檢驗、委託加工而須輸往課稅區，經向海關申請核准者，得免提供稅款擔保。但應自核准後六個月內復運回自由港區，並辦理結案手續；屆期未運回自由港區者，應向海關申報補繳稅費。

前項輸往課稅區之貨物，因特殊情形經申請海關核准者，得不運回自由港區逕行出口，並辦理結案手續。

第一項如須延長復運回自由港區之期限者，應於復運期限屆滿前，以書面敘明理由，檢附有關證件，向海關申請展延；其展延，以六個月為限。

自由港區事業免稅之貨物輸往課稅區展覽者，準用前三項規定辦理。

自由港區內之免稅貨物，依前條規定運往課稅區委託加工者，以管制貨品以外之貨品為限。

前項受託課稅區廠商加工所添加之進口原料，除下列情形之一者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅：

課稅區營業人接受自由港區事業或國外事業、機關、團體、組織委託，就自由港區事業輸入之貨物、機器及設備提供修理、測試、檢驗、委託加工之勞務後，該貨物、機器及設備全數運回自由港區內者，該項勞務收入之營業稅稅率為零。

下列貨物或勞務之營業稅稅率為零：

自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。

營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，自行或委託自由港區事業在自由港區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，經自由港區管理機關審查核准者，其銷售貨物之所得，免徵營利事業所得稅。

在中華民國境內無固定營業場所之外國、大陸地區、香港或澳門營利事業銷售經認可之國際金屬期貨交易所認證且經主管機關核定之商品或同一稅則號別之商品，如該商品儲存於自由港區事業經自由港區管理機關核准之自由港區內之處所，其售與境內、外客戶之所得免徵所得稅；其銷售該商品之所得，無須申請免徵營利事業所得稅，並免依所得稅法規定辦理申報。

第一項準備或輔助性質之活動、採購、輸入、儲存或運送之範圍及營利事業核准免徵期限、前項適用範圍與要件、認可機關及核定機關、前二項申請程序、核准、廢止及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。

第一項及第二項免徵營利事業所得稅實施期限至中華民國一百三十一年十二月三十一日止。

本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第一項至第三項規定，自一百零八年度營利事業所得稅結算申報案件適用之。

本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之條文施行前已依修正前第一項規定核准之案件，其核准免徵期限最長至一百十年十二月三十一日止。

本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之條文施行前已申請尚未核准之案件，屬一百零七年度及以前年度之所得者，適用修正前第一項規定；屬一百零八年度以後之所得者，適用修正後第一項規定。

自由港區事業經自由港區管理機關核准結束營業、廢止或撤銷其營運許可時，其有關機器、設備及餘存之貨物，經盤點結算如有短少，應補徵關稅、貨物稅、營業稅、菸酒稅、菸品健康福利捐、推廣貿易服務費及商港服務費。

申請經營自由港區事業取得籌設許可者，經自由港區管理機關廢止或撤銷其籌設許可時，其於籌設期間減免之關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費，應予補徵。但自廢止或撤銷其籌設許可之翌日起算六個月內，將國外運入之自用機器、設備原貨復運出口者，不在此限。

前項自用機器、設備於辦理相關稅費補徵或復運出口前，由自由港區管理機關監管。

外籍商務人士得經自由港區事業代向自由港區管理機關申請核轉許可，於抵達中華民國時申請簽證。

大陸地區或香港、澳門商務人士得依兩岸關係相關法規辦理申請進入自由港區從事商務活動，其辦法另定之。

自由港區內，除管理人員、警衛人員、自由港區內之事業值勤員工、進入自由港區之商務人士及有正當事由經自由港區管理機關同意者外，不得在區內居住。

自由港區內之事業應將所屬員工名冊、照片，報請自由港區管理機關核發長期入出許可證或通行證。其他人員應向自由港區管理機關申請臨時入出許可證或通行證，憑以入出自由港區。

進出自由港區之人員、車輛及物品，應憑相關許可放行文件循管理機關指定之地點入出，並接受警衛人員所為必要之檢查。

前三項所定人員及車輛申請入出與居住許可之資格、申請程序、檢附之文件、許可之撤銷、廢止及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。

自由港區事業違反第十五條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得定三十日以內之期限退運出區或沒入之。

未依前項所定期限退運出區者，海關得按次處罰；經處罰三次仍未退運出區者，得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業違反第十六條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業依第十七條第一項或第三項規定向海關通報，有虛報或不實情事者，由海關按次處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業依第十七條第二項規定向海關辦理通關，有虛報或不實情事者，由海關依海關緝私條例規定處罰。

自由港區事業違反第十七條第一項或第二項規定，擅將貨物運往其他自由港區、課稅區或保稅區而有私運行為者，由海關依海關緝私條例規定處罰。

自由港區事業存儲之貨物，未依第三十條規定辦理或經查核無故短少者，除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得由海關予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得按次處罰；經處罰三次仍未完成改正者，得由海關停止其六個月以下之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。

自由港區管理機關為維護自由港區與周邊之環境及公共設施之安全，及辦理第九條第一項規定之掌理事項，得向自由港區事業及自由港區事業以外之事業收取管理費、規費或服務費。

前項收費標準，由自由港區管理機關定之。

海關對於進出自由港區之運輸工具及貨物，應依關稅法第一百零一條規定徵收規費。