貨棧業者違反第七條、第十三條、第十四條、第十五條第一項、第三項至第八項、第十六條、第十七條、第十九條第一項、第四項之退關貨物隔離堆置及明顯標示義務、第二十條、第二十一條或第二十三條規定者，由海關依關稅法第八十六條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。
貨棧業者有前項情事致存棧貨物因非法提運、遺失、遭竊或其他原因而短少者，由海關依關稅法第八十六條規定，處新臺幣三萬元以上一百萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下進儲貨物或廢止其登記。