疫苗類原料藥之製造方法：
應說明原料藥製造及管制的過程，以證明正確的品質管制，及能預防外來因子可能造成的污染。並提供相關的標準操作過程（S-OP）資料。
一 原料藥
（一）應提供用於原料藥製造的材料表單（培養基、緩衝液、多胜合成用之樹脂，化學物質、色層分析用管柱等），材料的測試與產品規格、或相關基準等參考文獻。商品化的材料，應有供應商的產品規格及分析結果（製造標準）證明書。
（二）應說明原料藥純化或製程中使用的單株抗體、酵素及其他蛋白質等試劑、特殊胺基酸及其衍生物、或醣脂等來源，包括供應商之證明書、特異性及來源等資料。應提供細胞生長之原料藥，例如：血清、胰蛋白等外來因子的測試結果。應對各種成分的用途作說明。
1 應表列所有使用於製造原料藥與半製品成份之名稱、測試方法與規格，或其參考文獻。對於商業化之原料藥，應有供應商之分析證明與自家檢定結果。
2 應表列所有使用於製造原料藥與半製品之特殊試劑與材料，如培養基、緩衝液、血清、抗生素、單株抗體、防腐劑。在某些情形，如輔助性之生技產品使用於原料藥之製造過程（例如單株抗體使用於親和性色層分析），應詳述其製備過程及特性。
3 動物性原料藥、試劑及成分的管制：若於製造過程中有使用由動物來源取得之原料藥時，需證明其不含外來物質，如牛海綿狀腦病變 Bovine Spongiform Encephal-opathy（BSE） 物質，與其他動物病毒。
4 申請時應有不含有外來物之確效資料或証明。
二 流程圖：應有一份完整製造過程之流程圖，同時應表列其製程管制與試驗項目。
三 製程：製程中，依其材料來源之不同，應有各相關之資料。
（一）動物來源（包括禽類之受精卵）
用於微生物生長或製造重組蛋白質，及用作疫苗的動物性來源，應視疫苗特性提供（但不限於）下列各項資料：
1 動物的物種與年齡
2 動物的健康狀況，例如：無特定的病原菌
3 外來物質的篩選與檢疫過程
4 動物飼養之控管，例如：適當的動物隔離過程
5 獸醫監督及實驗室監視
6 動物預防接種的說明
7 對採收的組織及採用方法的說明
8 對於牛製品須註明其地區來源及地點
（二）病毒來源
對用於疫苗製造的病毒種源作詳細的說明，提供的資料應包括（但不限於）下列各項：
1 病毒的起源
2 病毒菌株的譜系資料
3 種批系統（Seed Lot System） 的詳細資料
4 維持病毒種源的培養技術
（三）細胞來源
細胞種批系統（Cell Seed Lot System）：應提供有關微生物細胞、動物來源（昆蟲類、人類及其他哺乳類）之細胞或細胞株之細胞受質資料。
1 微生物細胞
（1）應對微生物的物種、菌株、已知的表現型特性及基因型特性作說明。用於疫苗原料藥的微生物細胞及衍生物包括：整個細胞的疫苗（活菌或死菌）、天然的溶菌產物或已純化的免疫原、重組的去氧核醣核酸製品、接合物質及質體去氧核醣核酸疫苗。
（2）應提供製造用各種菌株的歷史及特性鑑定，並對菌株作完整的說明，包括：
A 單離的起源
B 物種
C 生物化學特性（發酵等）
D 菌株鑑別特性鑑定（血清類型等）
E 病毒的感染能力（包括已經執行的減毒方法）
F 已知的基因特性鑑定（標記、插入、剪除等）
G 質體
H 菌株突變的機率（遺傳安定性）
2 動物細胞
（1）應說明對於存於動物起源細胞受質內的外來污染因子所採取的預防、排除或不活化措施。
（2）初代細胞：應提供製造初代細胞的起源組織及用途說明。提供初代細胞株資料，包括（但不限於）下列各項：
A 動物的物種及年齡，及初代細胞的組織來源
B 該初代細胞出處的動物健康狀況，例如：無特定的病原菌
C 用以確保動物適當性的動物飼養方式（隔離過程等）
D 用以確保動物適當性的獸醫及實驗室監視
E 初代細胞受質製備的說明
F 用以證明無外來因子存在的測試及結果
（3）細胞株
製造的受質應包含人類或動物來源的連續細胞株或兩倍體（Diploid） 細胞株。
A 人類細胞受質，應包括使用的材料與方法、起始的組織或器官、種族與地理的起源、年齡、性別及一般生理狀況的說明，如已知捐贈者之疾病史，應提供測試結果。
B 動物細胞受質，應包括物種、體系、起始的組織或器官、地理起源、年齡、性別及一般生理狀況，並可能存於細胞內的外來因子。
3 基因構築體與重組細胞株
對從重組 DNA 製品及使用重組 DNA 的細胞受質，應提供宿主細胞，及重組 DNA 來源及功能的資料，包括：
（1）宿主細胞：應說明宿主細胞的來源、相關的表現型及 基因型、細胞安定性及特性鑑定的結果。
（2）基因構築體（Gene Construct）：應說明引入宿主細胞之基因製備方法，及限制切割圖。並提供完整核酸序列、表現架構之調節因子、轉譯的胺基酸序列，及重要序列特色。
（3）載體：應提供載體的資料，包括載體來源及功能的說明，例如：複製的起源、抗生素耐受性基因、啟動基因及增強基因等。應提供構建載體之限制切割圖部位及特性鑑定之重要基因標記。
（4）最終基因架構：應說明製造最終重組基因架構的過程，包括基因片段、載體、或其他基因的組合過程加以 說明，並提供最終基因架構之限制切割圖。
（5）重組細胞株：應提供將最終基因架構移轉至宿主的方法、移轉的機制、複製的數量及轉移後宿主細胞內（加入體外遺傳因子）的生理狀況等資料。
4 細胞庫系統：應說明細胞庫建立的過程，包括：製備細胞庫的方法、低溫保存方式及細胞庫之管制等資料。應避免微生物污染及防止與其他細胞交互污染。並預防細胞庫儲存環境產生劇烈變化及適當警戒措施，例如：將細胞庫存於不同處的多個冷藏庫內。
（1）種細胞庫（MCB）：應提供種細胞庫內細胞歷史及特性鑑定。
A 對基因重組製品的種細胞庫細胞受質是指從原始單一細胞複製，含有合適基因構築體之感染細胞。B 對非基因重組製品，細胞受質是指來自選定用於製備種細胞庫的母系細胞株。應提供選作種細胞庫的兩倍體細胞株資料。
（2）工作細胞庫（WCB）：應詳述由種細胞庫衍生至工作細胞庫之過程，包括工作細胞庫之鑑別系統、儲存步驟及其細目。對於每一新工作細胞庫，須進行與現有細胞庫各項定性及特性分析之比較。必要時應說明此工作細胞庫之繼代數，以確保其保護性抗原致毒性因子之存在。並應詳述確保培養純度與鑑別之方法與步驟 。
（3）最終產品細胞（End of production cells; EPC）：應說明所使用最終生產細胞之特性，以證明該生產系統之一致性。應包括最終生產細胞表現型與基因型標記之分析結果，以確認其鑑別與純度，並證明其不受外來物質污染。同時應提供該基因構築體之限制酵素分析結果。
（4）細胞庫之特性與試驗：應說明有關庫存細胞之特性與試驗，包括細胞受質之鑑別、純度與適合性試驗之資料及其結果，以確保其可用於製造。若細胞來源為複細胞動物（metazoan cells），應提供對於種細胞庫與工作細胞庫之負荷菌（細菌及真菌）與黴漿菌測試結果，以及可能污染該細胞株之病毒檢測結果。
5 細胞培養與採收
（1）細胞的培養：應對培養過程、生長曲線或生長特性作說明。並提供純度、效價、抗原生產等的管制及測試時間點資料。也應說明對污染管制所採取的措施。
（2）細胞的採收：應說明原料藥由細胞分離所使用的採收方法（沉澱、離心、過濾），並提供採收的標準及產量等資料。對維持採收過程無菌狀態及預防污染所採取的措施加以說明，對生物負荷量試驗監視。如果原料藥在後續處理前需保存，則應說明儲存情況及時間限制。
（四）純化與後續處理
應說明純化過程，並檢附鑑定、純度、濃度及與產品或非產品有關的不純物的分析測試方法。於培養時使用的抗生素及其他成分（例如生長因子、抗體），應於使用前加以排除並確保預防交互污染的過程。
1 執行適當的不活化步驟：應說明
（1）不活化前的純度。
（2）去活化的方法及試劑。
（3）預防凝集及確保不活化劑均質化的方法。
（4）製造過程中實施不活化或滅菌的階段。
（5）監視的參數：對去活化或滅菌方法的適當性說明。
2 純化步驟：
（1）應說明抗原成分純化的目的及原理
A 使用的方法，包括如色層分析用管柱、超速離心機、超速過濾器及單株抗體等試劑或設備。
B 產量。
C 純化過程的測試（例如：ELISA 之敏感度及特異性）。
D 純化過程中無菌狀態或生物負荷量試驗的監視，及預防污染所採取的警戒措施。E 純化用色層分析管柱及吸附劑之再使用及（或）再生。
F 殘餘的不純物及試劑的監視。
（2）流程圖及批次記錄應提供純度、鑑定及生物活性的管制及測試時間點的資料。對純化原料藥之最終認定標準。如果經純化的原料藥在進一步處理前需保存時，應對其儲存情況及時間限制加以說明。
3 安定性試驗：應對純化後中間物質在每個過程（例如：吸收、添加穩定劑、添加防腐劑、低壓冷凍乾燥儲存、乾燥）的安定性的加以說明，並執行監視生物負荷量試驗及所採取預防污染的警戒措施。
4 去毒性：對類毒素或含有類毒素的疫苗，應說明毒素成分的去毒性過程
（1）去毒性所使用的方法及試劑。
（2）實施去毒性的製造過程。
（3）對去毒性使用方法的適當性加以證明。
（五）合成之原料藥：合成原料藥包括線性或複合之合成胜類及經修飾合成或半合成之免疫原（如 lipopeptides 、攜帶蛋白質之胜或攜帶蛋白質結合物之多醣體）。
1 合成胜類：應提供多胜合成及純化過程等的資料。
2 經修飾合成或半合成之免疫原
（1）對原料藥或中間物質經化學或酵素修飾製成，如：將免疫原接合至載體、將毒素以酵素或化學方法減毒及純化。此種修飾作用可能會改變原料藥的免疫抗原性、毒性、安定性、或原料藥之藥動學特性。
（2）製造方法：應說明
A 為確保結合或修飾方法的適當性，應說明原料藥的說明及標準。
B 應說明製造過程及方法、製程管制、產品鑑定及生物活性的測試、以及純化的過程。
（3）產品規格：應檢附每一經修飾原料藥之規格，包含鑑別、純度、效價、物理化學測定及安定性試驗。若該衍生物之檢驗結果將紀錄於藥品最終放行成績書，則每一規格均應提供包含變異性估計值與上下限之確效報告。未反應初始原料藥與製程中試劑之移除步驟須經確效，否則應有其殘餘量規格。
（4）批次記錄：應提供完整（加註簽名蓋章）的代表性批次記錄。