依廢棄物清理法第28條第1項第2款、第3項規定，環保署會同各部會訂定六類共同清除處理機構管理辦法（營建、醫療、農業廢棄物等等），以利同類型產業共同投資籌組設立。

共同清除處理機構未確實清除處理廢棄物，除有廢棄物清理法第45條至第48條的行政刑罰外，尚有同法第52條、第53條、第55條第1款、第57條及第59條的行政處罰規定，以達有效監控。