董事會應就章程所定人數，由股東會依公司法第一百九十八條所定方式選舉董事，其中獨立董事人數不得少於二人，且不得少於董事席次三分之一。董事任期四年，連選得連任一次。但政府或其指派之代表人當選為董事，不受連任次數之限制。
獨立董事應具備專業知識，其持股及兼職應予限制，且於執行業務範圍內應保持獨立性，不得與全國農業金庫有直接或間接之利害關係。獨立董事之專業資格、持股與兼職限制、獨立性之認定、提名方式及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。
有下列情事之一者，不得充任獨立董事，其已充任者，當然解任：
一、有公司法第三十條各款情事之一。
二、依公司法第二十七條規定以政府、法人或其代表人當選。
三、不符合依前項所定辦法中有關獨立董事之資格。
獨立董事持股轉讓，不適用公司法第一百九十七條第三項規定。
獨立董事因故解任，致人數不足第一項或章程規定者，應於最近一次股東會補選之。獨立董事均解任時，全國農業金庫應自事實發生之日起六十日內，召開股東臨時會補選之。