農產品初級加工場有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止其登記證：
一、農民或農民團體喪失第二條所定資格。
二、加工設施之容許使用同意書或使用執照經撤銷或廢止。
三、加工設施已非申請人自有或其配偶、直系血親所有。
四、農民團體加工設施坐落之土地已非自有，或其林產類加工設施坐落之國有、公有土地已無租賃關係。
五、加工設施或其坐落土地違反土地使用管制或建築法令規定。
六、規避、妨礙或拒絕主管機關之查核，或提供不實資料、紀錄。
七、連續一年未營運。
八、產製之加工產品為食品者，違反糧食管理法或食品安全衛生管理法規定，或產製非供食用之商品者，違反商品標示法之規定，且情節重大。
有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關得通知限期改善，屆期未改善者，得廢止其登記證：
一、使用非本法第十八條第一項農產品為原料。
二、使用水源已非合法。
三、產製食品之加工場作業場所未符合食品良好衛生規範準則規定。
四、營運期間未符合第四條第八款應取得教育訓練及格證書人數規定，且未於六個月內補足。
五、未依核定之經營計畫及登記事項經營。
六、未依第八條第二項規定辦理登記事項或經營計畫內容變更。
七、未依第十一條第一項規定辦理記錄或保存相關佐證資料、紀錄。
八、從業人員未依第十一條第二項規定接受衛生講習，三年內達二人次以上。
第一項第八款所稱情節重大，由直轄市、縣（市）主管機關審酌違規人之違規次數、違規產品流通數量及金額、違法持續期間、違法所得利益、對消費者損害程度等事項綜合認定之。
依第一項或第二項規定廢止登記證者，原申請人自廢止日起二年內，不得申請登記。