本部除因不可抗力因素外，應每年擇定特定非公務機關，以現場實地稽核，稽核其資通安全維護計畫實施情形。
本部為辦理前項稽核，應訂定稽核計畫，其內容包括稽核之依據與目的、期間、稽核小組組成方式、保密義務、稽核方式、基準及項目等與稽核相關之事項。
本部決定前項稽核之基準及項目時，應綜合考量我國資通安全政策、國內外資通安全趨勢、過往稽核成效及稽核資源等因素。
本部依第一項規定擇定受稽核之特定非公務機關（以下簡稱受稽核者）時，應綜合考量其資通安全責任等級、資通安全事件發生之頻率與程度、資通安全演練之成果、歷年受主管機關或本部稽核之頻率與結果及其他與資通安全相關之因素。