應施檢疫物輸入或過境、轉口卸貨前，動物檢疫人員於必要時，得在車、船或航空器內先行檢疫。動物檢疫人員執行檢疫時，發現檢疫物罹患、疑患或可能感染動物傳染病，或有傳播動物傳染病之虞時，得對該檢疫物及車、船或航空器採取必要之處置。車長、船長、機長、管理人或其職務代理人不得規避、妨礙或拒絕。
動物在運輸途中罹患或疑患動物傳染病死亡者，該運輸車、船或航空器進入港、站時，其車長、船長、機長、管理人或其職務代理人於起卸貨物前，應先向動物檢疫人員報告，並依其指示執行必要之處置。
航海中依第二十五條規定處理者，應詳記航海日誌，以備入港時接受動物檢疫人員之查詢。
輸入人或其代理人未依第三十四條第一項規定申請檢疫者，除依第四十三條第十一款規定處罰外，輸出入動物檢疫機關應令其採取必要之處置。