系統性查核應由輸出國（地）政府機關，向查核機關提出書面申請，由查核機關進行書面審查，必要時於書面審查後實地查核，評估輸出國食品衛生安全管理體系及政府機關監督措施與我國之等效性。
查核機關依前項評估結果，得為下列之決定：
一、同意輸出國（地）指定生產設施生產產品之輸入。
二、同意輸出國（地）經查核機關查核通過之指定生產設施生產產品之輸入。
三、不同意輸入。
查核機關進行第一項書面審查時，得視審查需求，要求輸出國（地）政府機關於指定期限內提供所需之文件。
依本辦法應實施系統性查核之產品，除有第七條之情形或與輸出國（地）政府機關另有協議者外，未經第二項之同意，不得依本法第三十條規定申請查驗。