一般替代役役男涉及本條例第五十二條或第五十三條之刑事責任者，應由服勤單位移請司法機關究辦，並副知需用機關；涉及本條例第五十四條之刑事責任者，應由主管機關移請司法機關究辦，並副知需用機關或直轄市、縣（市）政府；涉及本條例第五十五條之一第一項之刑事責任者，應由直轄市、縣（市）政府移請司法機關究辦，並副知主管機關。
研發或產業訓儲替代役役男涉及本條例第五十二條之刑事責任者，應由用人單位向司法機關告發，並副知主管機關。
第一階段研發或產業訓儲替代役役男涉及本條例第五十三條之刑事責任者，由主管機關移請司法機關究辦。