自由港區事業應辦理之自主管理事項如下：
一、自國外進儲貨物之通報。
二、貨物輸往國外之通報。
三、貨物輸往其他自由港區之通報。
四、貨物輸往課稅區、保稅區之通關。
五、自課稅區、保稅區進儲貨物之通關。
六、區內交易貨物之通報。
七、修理、測試、檢驗、加工、展覽、委託及受委託修理、測試、檢驗、加工之處理。
八、進儲本條例第十五條第一項規定物（貨）品之通報。
九、本條例第十六條第一項規定物（貨）品輸往國外之通報。
十、貨物及自用機器設備之帳務處理。
十一、按月彙報貨物之入出區（廠）管理。
十二、盤點及盤存清冊、結算報告表之造送。
十三、廢品、下腳及其有利用價值部分之處理。
十四、物（貨）品遭竊、遭受災損時之處理。
十五、門禁之管控。
十六、製造、物流、倉儲及廠（場）區作業之管理。
十七、封條加封及核銷作業。
十八、短卸、溢卸、短裝、溢裝報告之填報。
十九、加工、重整、包裝、加註或更正標記、箱號作業。
二十、看樣、取樣及公證作業。
二十一、空貨櫃進出之檢查。
二十二、貨物通關、帳務處理及貨物控管之電腦資料儲存作業。
二十三、違規、違章、異常案件之報告。
二十四、遵守產地標示規範。
二十五、跨區貨櫃（物）移運以自由港區專用運貨工具（專用車隊）或保稅運貨工具載運之處理。
二十六、其他經自由港區管理機關或海關規定應遵行事項。