大陸地區人民申請進入臺灣地區團聚、居留或定居者，應按捺指紋並建檔管理之；未按捺指紋或經按捺指紋核對認定身分不符者，不予許可其團聚、居留或定居之申請，已許可者，撤銷其許可。
前項大陸地區人民按捺指紋程序如下：
一、申請人在大陸地區者，應於向本條例第四條第一項所定之機構或第二項所定受委託民間團體在大陸地區之分支機構申請時按捺指紋。未設立分支機構前或分支機構無按捺指紋設備者，得先予許可其申請，並於許可文件上註明須於入境查驗前補行按捺指紋；拒絕補行按捺者，廢止其許可，並拒絕其入境。
二、申請人在第三地區者，應於向我駐外使領館、代表處、辦事處或其他經政府授權或設立之機構（以下簡稱駐外館處）申請時按捺指紋。駐外館處無按捺指紋設備者，得先予許可其申請，並於許可文件上註明須於入境查驗前補行按捺指紋；拒絕補行按捺者，廢止其許可，並拒絕其入境。
第一項大陸地區人民已進入臺灣地區尚未按捺指紋者，應於接受面談或辦理團聚、居留或定居之相關申請手續時按捺指紋；未按捺者，不予許可其申請。
未滿六歲之大陸地區人民申請進入臺灣地區團聚、居留或定居者，不予按捺指紋，俟年滿六歲後，於辦理團聚、居留或定居之相關申請手續時按捺指紋；未按捺者，不予許可其申請。
已接受指紋建檔之大陸地區人民除經主管機關認有必要者外，無庸重複建檔。再次入境查驗前經主管機關認有身分真實性相關疑慮時，仍應按捺指紋以核對認定身分；經核對認定身分不符者，撤銷或廢止其入境許可。