研究學院置院長一人，由管理會提名，經監督會同意後，由國立大學聘任之；其任期，至多與該屆管理會委員同。
院長依法令及研究學院規定綜理院務，執行管理會之決議，受監督會監督、考核，並於職務範圍內，對外代表研究學院。
院長應為專任或由國立大學、研究學院之編制內教師兼任，除在研究學院及本校授課外，不得擔任校外專職。
院長有不適任情形者，依下列規定辦理：
一、利用職務上機會之犯罪，經判刑確定者，其職務當然解任。
二、有不當或損及研究學院形象之行為，足認其不適任，或研究學院經營績效不佳，經管理會令其限期改善，屆期未改善，或改善無效果者，由管理會委員三分之二以上出席，出席委員過半數通過後，經監督會同意，由國立大學解除院長職務；管理會怠於處理時，應由監督會委員三分之二以上出席，出席委員過半數通過後，由國立大學解除院長職務。
第一項院長資格、產生方式、任期、續聘、解職要件及其他應遵行事項，由研究學院擬訂，並經管理會審議通過後，報監督會備查，不受大學法第十三條第二項及公務人員任用法第二十一條規定限制。