直轄市、縣（市）主管機關審查第二條第一款第一目至第三目實際削減量差額，應依空氣污染防制費收費辦法規定之方式計算排放量，且採行防制措施前後實際排放量之計算方法應相同。但採行第二條第一款第三目之防制措施者，其採行防制措施後實際排放量得逕以零認定。
直轄市、縣（市）主管機關核發實際削減量差額證明之規定如下：
一、採行防制措施屬第二條第一款第一目及第二目者，其核發比率為實際削減量差額之百分之九十五。但為配合法規要求，於法規施行前，採行第二條第一款第一目或第二目防制措施，提早符合法規規定者，僅得於每提早一年，核發實際削減量差額之百分之五，依此遞增；提早達成不足一年者，不予核發。提早之起算日，自該防制措施完成變更或異動固定污染源操作許可證之日起算。
二、採行防制措施屬第二條第一款第三目者，其核發比率至多為實際削減量差額之百分之五。但檢具使用計畫者，其核發比率由直轄市、縣（市）主管機關視實際情形核定之，核發比率至多為實際削減量差額之百分之八十。
三、採行防制措施屬第二條第一款第四目者，其核發比率由直轄市、縣（市）主管機關視實際情形核定之，核發比率至多為實際削減量差額之百分之八十。
四、依第八條第一項提出申請者，依其採行防制措施，適用前三款規定之核發比率計算實際削減量差額後，再依其約定分配原則核發。