第二課掌理金門縣政府及其所屬機關轄管非營業特種基金（金門縣醫療作業基金、金門縣醫療照護發展基金、金門縣環境保護基金除外）、公營事業特種基金、金門縣稅務局及金門縣立體育場之普通公務、賦稅捐費特種公務、金門縣各鄉（鎮）民代表會、鄉（鎮）公所及其所屬機關之財務及財物報損報廢審計，辦理下列事項：

一、關於所管機關、基金及特別預算已核定之分配預算或分期實施計畫及收支估計表與各項支付法案之查核事項。

二、關於所管機關、基金及特別預算會計報告、半年結算報告、相關資訊檔案及經通知檢送原始憑證或有關資料之審（查）核與其財務收支及庫款收支之抽查事項。

三、關於所管機關、基金決算及特別決算之審核及審定〔不含金門縣各鄉（鎮）民代表會、鄉（鎮）公所及其所屬機關、基金〕；縣總決算（含附屬單位決算及綜計表）、特別決算之審核及審核報告之編報事項。

四、縣附屬單位預算半年結算報告及綜計表、縣附屬單位決算及綜計表之審核事項。

五、關於所管機關、基金績效報告及內部審核報告之考核事項。

六、關於所管機關、基金財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案之調查事項。

七、關於所管機關、基金公款補（捐）助團體或私人及財團法人之應行審計事項。

八、關於所管徵收機關賦稅捐費收入之查定、徵收、劃解及納庫之抽查事項。

九、關於所管機關、基金會計制度及有關內部審核規章之會商事項。

十、關於所管基金固定資產重估價有關紀錄之審核事項。

十一、關於所管機關、基金財產之取得、保管、使用、收益、處分及珍貴動產、不動產管理狀況之抽查事項。

十二、關於所管機關、基金之現金、票據、證券及其他一切財物管理運用之抽查事項。

十三、關於所管機關、基金已屆保管年限之會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀或移交保管案件之核復事項。

十四、關於所管機關、基金經管現金、票據、證券、財物或其他資產之遺失、毀損，或因其他意外事故而致損失者暨財物報廢之審核事項。

十五、關於鄉（鎮）民代表會諮詢財務及財物報損報廢審計案件之擬復事項。

十六、關於所管機關、基金函請解釋有關財務及財物報損報廢審計法令之擬辦事項。