專案考核之獎懲基準規定如下：
一、有下列情事之一者，一次記二大功：
（一）針對時弊，研擬改進措施，經採行確有重大成效。
（二）對主辦業務，建立完善制度或提出重大革新具體方案，經採行確有顯著成效。
（三）察舉嚴重不法事件，對維護政府聲譽或權益、社會秩序，確有卓越貢獻。
（四）適時消弭重大意外事件或變故之發生，或就已發生重大意外事件或變故措置得宜，能予有效控制，對維護生命、財產或減少損害，確有重大貢獻。
（五）遇重大事件，不為利誘，不為勢劫，而秉持立場，為國家或機構增進榮譽，有具體事實。
（六）在工作中發明、創造，為國家取得重大經濟效益或增進社會重大公益，且未獲得相對報酬或獎金。
（七）舉辦或參與大型國際性或重大國家級活動、會議，對增加國庫收入、經濟產值、促進邦交或達成國際合作協議，確有重大貢獻。
二、有下列情事之一者，一次記二大過：
（一）圖謀背叛國家，有確實證據。
（二）執行國家政策不力，或怠忽職責，或洩漏職務上之機密，致政府遭受重大損害，有確實證據。
（三）違抗政府重大政令，或嚴重傷害政府信譽，有確實證據。
（四）涉及貪污案件，其行政責任重大，有確實證據。
（五）圖謀不法利益，言行不檢，致嚴重損害政府或機構人員聲譽，有確實證據。
（六）侮辱、誣告或脅迫長官，情節重大，有確實證據。
（七）挑撥離間或破壞紀律，情節重大，有確實證據。
（八）曠職（工）繼續達四日，或一年累積達十日。
專案考核一次記二大功者，晉薪一級，並發給一個月薪額之考核獎金，無級可晉者，發給二個月薪額之考核獎金。但在同一年度內再受專案考核一次記二大功者，不再晉敘薪級，發給二個月薪額之考核獎金。一次記二大過，公務員兼具勞工身分者應予免職；純勞工身分者，以符合勞動基準法或其他法律所定得終止勞動契約之情形者為限，應終止勞動契約。
專案考核不得與平時考核功過相抵銷。