秘書室分設六科，各科掌理事項如下：
一、第一科
(一) 關於本局主管會報各項議事與相關資料之規劃、整備、簽報及記錄
事項。
(二) 關於本局政策小組會議議事事項。
(三) 關於本局公文之管制、稽催及考核事項。
(四) 關於不屬於其他各處、室事務性業務之協調執行及本室業務之綜合
規劃、協調、追蹤及管制事項。
二、第二科
(一) 關於本局重大政策、法案、預算案推動立法事項。
(二) 關於本局新聞之聯繫及發布事項。
(三) 關於本局對外公共關係之推進事項。
(四) 關於本局新聞資料之蒐集、整理及簽報事項。
(五) 關於重要來賓參觀、訪問及拜會之接待事項。
(六) 關於本局正副首長辦公事務、交辦案件與機要業務之處理及追蹤事
項。
三、第三科
(一) 關於本局財產與物品管理、辦公室維護及修繕等事項。
(二) 關於本局採購案件之辦理事項。
(三) 關於本局公務車輛之維修、調派及管理事項。
(四) 關於本局工友之管理及考核事項。
(五) 關於本局票據管理、經費出納及員工福利之辦理事項。
(六) 關於本局專案活動之配合執行事項。
四、第四科
(一) 關於本局公文之收發、登記及統計事項。
(二) 關於本局公文與資料之繕校及印製事項。
(三) 關於本局公文之提陳事項。
(四) 關於本局印信之典守事項。
五、第五科
(一) 關於本局檔案之點收、立案、編目及入庫管理事項。
(二) 關於本局檔案之清查、銷毀及檢調事項。
(三) 關於本局檔案之目錄彙送、掃描應用及機密檔案管理事項。
(四) 關於本局圖書資料之購置、整理、保管、陳列及借還事項。
六、第六科
(一) 關於本局地方人事行政處財產與物品管理、辦公室維護及修繕等事
項。
(二) 關於本局地方人事行政處採購案件之辦理事項。
(三) 關於本局地方人事行政處公務車輛之維修、調派及管理等事項。
(四) 關於本局地方人事行政處工友管理等事項。
(五) 關於本局地方人事行政處出納管理事項。
(六) 關於本局地方處人事行政處文書、檔案管理等事項。