本辦法規定申報備查作業程序如下：
一、目的事業主管機關應於每年度二月及七月申報時點進行申報作業，其中土壤檢測資料於次年二月底前申報；地下水於每年七月底前申報上半年度檢測資料，於次年二月底前申報下半年度檢測資料。
二、目的事業主管機關應依前款規定，以網路傳輸方式向直轄市、縣（市）主管機關申報，並副知各中央目的事業主管機關。
三、直轄市、縣（市）主管機關應於申報截止日起三十日內，完成檢視申報資料。
四、直轄市、縣（市）主管機關經檢視目的事業主管機關所送資料符合規定者，應依網路申報程序予以備查。
五、目的事業主管機關逾期未申報或申報內容不符規定，直轄市、縣（市）主管機關應通知目的事業主管機關限期內補申報或完成補正；屆期不補正或未完成補正者，視為未完成申報。
六、目的事業主管機關未依前款規定完成申報，直轄市、縣（市）主管機關應以書面通知目的事業主管機關未完成本法第六條第三項所定備查作業，並副知中央目的事業主管機關及中央主管機關。