目的事業主管機關檢測作業規定如下：
一、檢測時機：
（一）每兩年應檢測土壤品質一次。
（二）每年上半年及下半年，應配合豐、枯水期各檢測地下水品質一次。
（三）當年度地下水品質檢測結果均未達地下水污染監測標準，經直轄市、縣（市）主管機關同意，次年度起得每年檢測一次。
（四）本辦法施行前已定期檢測地下水品質並符合前目得減少檢測次數之規定者，得自施行第一年即依以往檢測結果調整檢測時機。調整後之檢測結果如有達地下水污染監測標準情形，應改依第二目規定辦理檢測。
（五）工業區經完成編定，且區內尚未有任一建築物取得使用執照時，應於完成編定後一年內提送一次土壤及地下水檢測資料。但區內任一建築物取得使用執照後，應改依第一目及第二目所定方式辦理檢測事宜。
（六）工業區於本辦法施行前已完成編定，但區內尚未有任一建築物取得使用執照，應於中華民國一百零七年十二月三十一日前依前目所定方式辦理檢測事宜。
二、檢測數量、位置及採樣布點規定：
（一）土壤檢測數量及地下水監測井口數依各區域編定面積規定如下。個案得依實際情形並檢具理由，經直轄市、縣（市）主管機關同意後彈性調整：
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│面積分布 │土壤檢測數量│地下水檢測數量│
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│未逾十公頃 │三 │三 │
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│大於十公頃且未逾一百公頃│五 │五 │
├────────────┼──────┼───────┤
│大於一百公頃且未逾五百公│十 │十 │
│頃 │ │ │
├────────────┼──────┼───────┤
│大於五百公頃且未逾一千公│二十 │二十 │
│頃 │ │ │
├────────────┼──────┼───────┤
│大於一千公頃 │二十五 │二十五 │
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（二）土壤採樣依前目檢測數量規定予以分區後，以抓樣為原則，依各區事業或設施污染潛勢擇定代表性點位，採集地表下三十公分土壤（需扣除柏油或水泥等非土壤鋪面）辦理檢測，並應說明採樣方式及布點規劃理由。
（三）地下水監測井應考量區內事業或設施污染潛勢、地下水流向、均勻分布及涵蓋周界等原則設置，並說明布點規劃理由。
三、檢測項目：
（一）土壤檢測項目應至少包括土壤污染管制標準所列重金屬項目。地下水檢測發現單環芳香族碳氫化合物、多環芳香族碳氫化合物、氯化碳氫化合物及總石油碳氫化合物測項達地下水污染管制標準情形者，應加採監測井水位面附近土壤檢測有機化合物項目。
（二）地下水檢測項目應至少包括地下水污染管制標準所列單環芳香族碳氫化合物、多環芳香族碳氫化合物、氯化碳氫化合物、重金屬（不含銦、鉬）、一般項目及其他污染物項目（不含甲基第三丁基醚）。
（三）地下水檢測項目應視區內事業特性主動增加，石油製造或石油儲運行業，應增加檢測甲基第三丁基醚；半導體、薄膜電晶體液晶顯示器（TFT-LCD）、發光二極體（LED）或太陽能電池等製造行業，應增加檢測銦、鉬；農藥製造或農藥儲運行業，應增加檢測農藥。
（四）中央主管機關得視區內事業或設施之污染潛勢或監測現況，於每年八月底前函知目的事業主管機關增加或減少次年度土壤及地下水之檢測項目及其檢測頻率，並副知直轄市、縣（市）主管機關，不受前三目規定之限制。
前項規定自中華民國一百零七年一月一日施行。