稽核認證團體應受中央主管機關指揮監督，並依各項應回收廢棄物之認證手冊執行下列稽核認證作業：
一、執行稽核認證作業前依應回收廢棄物回收處理業管理辦法及應回收廢棄物回收清除處理補貼申請審核管理辦法規定查核應回收廢棄物回收、處理業登記及受補貼機構資格。
二、查核受補貼機構之回收、貯存、清除、處理等作業程序應符合該項應回收廢棄物之回收貯存清除處理方法及設施標準。
三、查核受補貼機構有關應回收廢棄物之再生料及廢棄物之數（重）量，並視應回收廢棄物之性質追蹤其來源、流向、用途、運輸里程、處理費用或其他相關數據。
四、查核受補貼機構之進貨、生產、銷貨、存貨憑證、帳冊等相關報表及其他產銷營運或輸出入相關資料及應回收廢棄物、再生料及廢棄物之庫存量等，以確認稽核認證量。
五、核算受補貼機構應回收廢棄物之稽核認證量，並依認證手冊之規定核算處理效能及質量平衡。
六、稽核認證之異常通報及後續追蹤處理。
七、其他經中央主管機關委託有關稽核認證事項。
稽核認證團體未依認證手冊辦理稽核認證，造成資源回收管理基金之損失，稽核認證團體應負責賠償。