受補貼機構有下列情形之一，中央主管機關應停止補貼，並撤銷或廢止稽核認證量及追繳已領取之補貼費：
一、有第八條第一項或第九條第一項情形，而未依規定辦理變更者，經中央主管機關通知限期辦理，屆期仍未辦理者，自期限屆滿次日起至完成變更日止。
二、未依第十條規定登錄文件者，中央主管機關於應辦理之期限屆滿後通知限期辦理，屆期仍未辦理者，自期限屆滿次日起，至完成登錄日止。
三、涉違法領取補貼費，經檢察機關起訴並經一審判決有罪者，自判決書送達日起至無涉違法定讞為止。
四、除前款規定外，經中央主管機關認定不當領取補貼費者，自不當領取日起至行政救濟確定為止。
五、回收清除處理應回收廢棄物違反附表之環保法令，遭主管機關處分者，自處分書送達日起至完成改善止。