綜合計畫處分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
（一）關於環境保護中、長程計畫之研訂及彙編事項。
（二）關於本署年度施政方針、施政計畫及施政報告之研訂、彙編事項。
（三）關於直轄市、縣（市）政府環境保護年度施政計畫之審核事項。
（四）關於環境保護人力之規劃事項。
（五）關於環境保護基本法之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（六）關於一般環境保護人員培訓計畫之督導事項。
（七）關於環境保護政策、方案之研訂及推動事項。
（八）不屬於本處其他各科之事項。
二、第二科：
（一）關於環境保護年鑑、年報之彙編事項。
（二）關於環境保護科技研究發展計畫之研訂、彙編及審議事項。
（三）關於環境保護技術交流之策劃、推動及協調事項。
（四）關於國際合作事務之策劃、推動、協調及執行事項。
（五）關於圖書資料之蒐集及管理事項。
（六）關於環境保護人員出國計畫及報告之審議事項。
（七）關於海峽兩岸交流與配合經濟部主管環境保護人員出國之推動及協助事項。
三、第三科：
（一）關於環境保護教育政策、方案之研訂及推動事項。
（二）關於環境保護宣導計畫之研訂、督導、執行及評估事項。
（三）關於環境保護教育輔助教材之編訂及推廣事項。
（四）關於環境保護社團、財團之監督、輔導、聯繫及獎勵事項。
（五）關於環境保護事業之聯繫、監督及獎勵事項。
（六）關於環境保護之民意調查事項。
四、第四科：
（一）關於環境影響評估法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。
（二）關於環境影響評估專業人員之講習及技術手冊之編訂事項。
（三）關於環境影響評估報告之審核事項。
（四）關於環境影響評估開發行為之監督事項。
（五）關於自然保育之規劃、聯繫、推動及協調事項。
（六）關於環境基本資料之調查、蒐集、管理、研析及報告事項。
（七）關於其他有關環境影響評估事項。