勞工退休金業務處分設七科，各科職掌如下：
一、機關學校提繳科：
（一）公立機關及公私立學校之提繳異動資料處理、計費、催欠、加徵滯
納金、罰鍰、得核報呆帳及相關提繳事項。
（二）參加勞工退休金單位開戶受理、審核、基本資料鍵錄等事項。
（三）應參加而未參加勞工退休金單位之催辦及處罰事項。
（四）參加年金保險單位之提繳相關作業及保險人違反規定處罰事項。
（五）勞工退休金提繳費繳款單寄發事項。
（六）有關滯納金、罰鍰移送強制執行事項。
（七）舊制結清退休金移入個人專戶事項。
（八）網路申辦規劃及綜合事項。
（九）勞工退休金作業研擬、法令請示及建議修正事項。
（十）委外業務綜合規劃及管理事項。
（十一）本處各類文件分辦事項。
（十二）本處綜合業務及其他不屬他科業務事項。
二、公司行號提繳科：
掌理商業、服務業及金融保險業等公司行號單位之下列事項：
（一）各類異動表件之處理事項。
（二）各類異動資料之處理、更正事項。
（三）未為勞工辦理提繳或提繳工資以多報少之催辦及處罰事項。
（四）提繳費之計算、更正及繳款單補發、退件事項。
（五）提繳單位名稱、負責人、地址變更及單位資料對外提供事項。
（六）提繳單位全體停止提繳事項。
（七）提繳單位欠費之催繳事項。
（八）提繳單位應加徵滯納金之計算及更正事項。
（九）函復提繳相關法令事項。
（十）有關勞工退休金提繳、罰鍰、加徵滯納金之行政救濟、行政訴訟應
辦理事項。
（十一）欠費核報呆帳事項。
三、工廠事業提繳科：
掌理工廠、場、礦、交通公用事業等單位及其他不屬前二科單位之下
列事項：
（一）各類異動表件之處理事項。
（二）各類異動資料之處理、更正事項。
（三）未為勞工辦理提繳或提繳工資以多報少之催辦及處罰事項。
（四）提繳費之計算、更正及繳款單補發、退件事項。
（五）提繳單位名稱、負責人、地址變更及單位資料對外提供事項。
（六）提繳單位全體停止提繳事項。
（七）提繳單位欠費之催繳事項。
（八）提繳單位應加徵滯納金之計算及更正事項。
（九）函復提繳相關法令事項。
（十）有關勞工退休金提繳、罰鍰、加徵滯納金之行政救濟、行政訴訟應
辦理事項。
（十一）欠費核報呆帳事項。
四、核發科：
（一）勞工退休金核發作業研擬、法令請示及建議修正事項。
（二）勞工退休金核發案件之受理、審核、核定通知等事項。
（三）勞工申請個人專戶移轉年金保險案件受理、審核、移轉等事項。
（四）函覆有關核發勞工退休金相關法令及其申復事項。
（五）有關勞工退休金核發之行政救濟、行政訴訟應辦理事項。
（六）勞工退休金核發案件之管理及銷毀等事項。
（七）其他有關勞工退休金核發作業相關事項。
五、專戶管理及帳務科：
（一）勞工退休金個人專戶相關統計、查詢及管理事項。
（二）收繳之勞工退休金提繳費沖帳、更正、查詢及提供繳費證明等事項
。
（三）提繳費、滯納金溢繳之審查及退費事項。
（四）勞工退休金各項作業之核定清單之核對及傳票編製事項。
（五）各帳戶結餘之核對及編製各科目日計表等事項。
（六）本處會計報告之編製及預、決算資料之提供事項。
（七）本處帳務、傳票憑證之整理、保管及銷毀事項。
（八）勞工申請年金保險移轉個人專戶事項。
（九）其他有關個人專戶管理及帳務事項。
六、財務及出納科：
（一）委託金融機構辦理各項作業契約之訂定事項。
（二）金融機構存款帳戶之設立、變更及撤銷事項。
（三）與往來金融機構媒體資料之傳輸處理、帳目之核對及相關出納報表
之編製事項。
（四）應收票據收受、登記、保管、兌現、提回及展期事項。
（五）退休金核發案件之核付及溢繳退費票據之製發作業。
（六）退休金核發案件之收回、補發及退匯、改匯事項。
（七）罰鍰之核收及解繳國庫事項。
（八）勞工退休基金資金調度事項。
（九）有價證券之保管事項。
（十）勞工退休金收益分配及申請國庫補助相關事項。
（十一）其他有關財務出納業務事項。
七、勞退資訊科：
（一）勞工退休金相關應用系統規劃及程式設計。
（二）勞工退休金相關應用系統電腦作業維護。
（三）勞工退休金相關應用系統電腦作業執行。
（四）其他有關新業務及交辦之應用系統規劃、設計事項。