農業天然災害現金救助除第十二條之二規定情形外，其作業程序及辦理期限如下：
一、農民應於中央主管機關公告救助地區之翌日起十日內填具申請表，向受災地鄉（鎮、市、區）公所提出申請，必要時得邀請當地農會、漁會協助，逾期不予受理。
二、各鄉（鎮、市、區）公所應於中央主管機關公告救助地區之翌日起三十日內完成勘查，並填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關，勘查得以科學技術輔助之。
三、農民申請救助項目之災損程度符合中央主管機關公告災損天氣參數，或災損嚴重經中央主管機關公告者，鄉（鎮、市、區）公所應依下列規定辦理：
（一）查證具有種植或養殖客觀證明文件者，得免勘查，逕填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關。
（二）無前目文件者，應抽樣勘查百分之二十以上之申請案件，確認無第十二條之一第一項情形後，填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關。
四、直轄市或縣（市）主管機關應於收受鄉（鎮、市、區）公所救助統計表之翌日起七日內完成轄區鄉（鎮、市、區）公所申請案件之抽查，並將救助統計表及抽查紀錄表報請中央主管機關辦理；其抽查，以二次為限。
五、中央主管機關應於收受直轄市或縣（市）主管機關救助統計表及抽查紀錄表之翌日起七日內完成審核，並依最後抽查結果，將符合救助條件者之救助款逕撥直轄市、縣（市）主管機關或鄉（鎮、市、區）公所，由鄉（鎮、市、區）公所或設有信用部之農會、漁會或承受農會、漁會信用部之金融機構發放。
主管機關所屬各試驗改良場所，應配合辦理前項損害鑑定及抽查工作。