船長負責全船之安全及管理事宜，其職掌如下：
一、查核船員應攜帶有效之漁船船員手冊、外國籍船員證或幹部船員執業證書。
二、監督指揮全體船員綜理航行及漁撈作業，如係兩艘以上漁船合組作業時，其從船船長應受主船船長之指揮。
三、漁場之選擇、作業位置之選定及漁撈技術之指導。
四、漁船漁具及航海、漁撈儀器等之使用與保養。
五、應熟知本船之構造與性能，並隨時注意安全檢查；卸任時，應將本船特性及有關紀錄告知並移交繼任之船長。
六、航行中遇有他船呼救時，應立即施以救援。但本船亦在危險狀態時，不在此限。
七、負責保管本船各項法定證明文件。
八、隨時記載，並查閱航海及作業日誌。
九、對實習人員之指導及考核。
十、航行中遇有下列情事，應將事實始末、時間地點詳實記載於航海日誌，檢送最初到達港之航政及漁業主管機關：
（一）本船遭遇海難及危險事項。
（二）發現他船碰撞或遇難。
（三）救護遇難船隻或人命。
（四）對於船員過失處分。
（五）船上所載人員失蹤、死亡、傷害、染患傳染病。
（六）其他重要事項。
十一、依船員法第六十六條之規定作成海事報告。
十二、應提供觀察員及檢查員執行任務必要及充分之協助。
十三、主管機關交辦事項。
前項第四款所定事項，在置有船副之漁船，由船副辦理之。