申請設置農產品平準基金之程序如左：
一、第一類基金：依中央政府特種基金管理準則規定辦理。
二、第二類基金：由申請機關擬具收支保管及運用辦法送經主管機關同意後，轉請行政院核定。
三、第三類基金：由業者擬具捐助暨組織章程，依成立財團法人有關規定，申請主管機關許可後，向法院辦理財團法人登記；其組織之董、監事名額，政府機關代表人數應不得少於三分之一。
第一類及第二類農產品平準基金，如為事實需要，得於申請設置或辦理補正時敘明理由，由主管機關轉請行政院核准委託其他政府機關監督管理。主管機關必要時得請受委託管理機關提供其管理基金之執行情形及有關資料。
依本辦法設置之平準基金，其設置內容如有變更，應依第一項規定程序申請核准變更。