養殖漁業組分設四科，各科管理下列事項：
一、養殖漁業科
（一）養殖漁業發展政策規劃及擬訂。
（二）養殖漁業水土資源利用規劃及管理。
（三）養殖漁業環境改善計畫規劃、擬訂及審議。
（四）養殖漁業生產區規劃、推動及營運管理之督導。
（五）養殖技術之推廣及督導。
（六）養殖漁業產銷計畫之擬訂、推動及督導。
（七）陸上養殖漁業登記管理之規劃、推動及督導。
（八）海域區劃漁業權管理之規劃、推動及督導。
（九）養殖漁業天然災害預警、災情彙整及災後復養。
（十）養殖水產品生產安全、衛生管理及輔導。
（十一）配合辦理養殖水產動物防疫、檢疫事項。
（十二）基因轉殖水產動植物田間試驗規劃、管理及繁殖養殖管理。
（十三）其他有關養殖漁業管理事項。
二、漁民組織科
（一）漁民、漁業團體目的事業與其組織功能之擬訂、策劃及督導。
（二）漁民團體業務與財務營運之擬訂、策劃及督導。
（三）漁民團體職員訓練之擬訂、策劃及督導。
（四）漁業推廣政策之擬訂、策劃及督導。
（五）漁家生活、漁民產銷班與福利改善之擬訂、策劃及督導。
（六）漁業貸款與保險業務之擬訂、策劃及督導。
（七）漁業天然災害救助金之核撥。
（八）漁民團體經濟事業之擬訂、策劃及督導。
（九）漁民活動中心之建設與管理之策劃、推動及督導。
（十）其他有關漁民組織及漁業推廣之輔導事項。
三、水產品安全科
（一）水產品生產之品質安全管理之策劃、推動及督導。
（二）水產品標示與品牌建立之策劃、推動及督導。
（三）水產品認驗證之策劃、推動及督導。
（四）水產品加工、保鮮與品質提昇之策劃、推動及督導。
（五）水產配合飼料之登記、管理及督導。
（六）其他有關水產品安全事項。
四、市場行銷科
（一）漁產品進出口制度及政策之研擬、協調。
（二）漁產品進出口管理之協調、聯繫及漁產品進出口同意事項。
（三）漁產品進口關稅修正之策劃及協調。
（四）兩岸經貿業務與外國人投資我國漁業之協調。
（五）水產品國內外市場拓銷與運銷業務之策劃、輔導及督導。
（六）活體水產動物首次進口之審查。
（七）漁產平準基金之策劃、運用及督導。
（八）魚市場之建設、經營與管理之策劃、推動及督導。
（九）其他有關市場及行銷督導事項。