農田水利處分設三科，各科掌理下列事項：
一、經營發展科：
（一）農田水利政策、農田水利行政法規之研究、策劃、擬訂及督導。
（二）農田水利中、長期計畫之策劃、擬訂、協調及推動。
（三）農田水利年度施政計畫、預算編列、工作報告及績效考核等事項之彙辦。
（四）農田水利會、農田水利會聯合會之監督、輔導與其組織、會務、總務、財務、主計、人事、資訊等業務之研究、策劃、督導及推動。
（五）農田水利會輔導業務之聯繫及協調。
（六）農田水利會會長、會務委員及小組長選舉業務之監督輔導。
（七）農田水利會會務委員會會議之輔導及決議事項之核定。
（八）農田水利會及農田水利會聯合會之預算、決算核定。
（九）農田水利會多角化經營之策劃、審議及督導。
（十）農田水利會會費與財務困難農田水利會補助計畫之研提推動及督導。
（十一）農田水利會年度業務檢查之策劃、推動及彙辦。
（十二）農田水利會捐助成立農業財團法人與農田水利聯合建設基金管理委員會之監督及輔導。
（十三）農田水利人才組訓之策劃、推動及督導。
（十四）農田水利處綜合性業務之彙辦。
（十五）國際農田水利經營發展及行政業務之交流。
（十六）其他農田水利經營發展及行政業務事項。
二、工程科：
（一）農田水利工程業務相關法規之擬訂及督導。
（二）農田水利會工程業務之策劃、督導、協調及推動。
（三）灌溉、農田排水、農地重劃等農田水利計畫與重要農業工程之策劃、督導及配合事項。
（四）農業生產環境改善工程之推動及配合協調。
（五）農田水利設施天然災害搶修與復建工程之策劃、督導及推動。
（六）農田水利工程用地徵收業務之協調及推動。
（七）農田水利工程工務行政及工程品質之督導。
（八）農田水利工程人力培訓與技術改進之調查、研究、策劃、督導及推動。
（九）國際農田水利工程技術交流。
（十）其他農田水利工程及農業工程事項。
三、灌溉管理科：
（一）灌溉管理業務相關法規之擬訂及督導。
（二）農田水土資源調查規劃、開發利用之策劃、督導、協調及推動。
（三）農業用水節水措施技術及旱作灌溉之策劃及推動。
（四）農地生態環境維護之策劃、督導及推動。
（五）灌溉管理營運基本資料之蒐集、保存及策劃改進。
（六）農田水利會灌溉計畫與用水量之策劃、審核、督導及配合事項。
（七）乾旱缺水期間灌溉管理營運對策之研擬、策劃及督導。
（八）配合民生與工業用水調撥支援用水之連繫及協調。
（九）農業用水調配、移用水補償與農地停灌等政策之研擬、策劃、協調及推動。
（十）配合農糧政策調整規劃調配用水之協調。
（十一）水污染影響農業之調查、督導及配合。
（十二）灌溉排水技術士證照制度之建立及推動。
（十三）農田水利灌溉營運管理資訊化之策劃、督導及推動。
（十四）農業水利科技與灌排管理改進研究發展之策劃、推動及督導事項。
（十五）國際灌溉管理技術交流及我國參與國際灌溉排水協會活動之協調。
（十六）其他有關農業用水及灌溉排水營運管理事項。