癌症防治組分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科 (癌症篩檢科) ：
(一) 關於癌症篩檢政策之規劃與督導事項。
(二) 關於癌症篩檢之教育訓練事項。
(三) 關於癌症篩檢之檢驗品質管制事項。
(四) 關於癌症篩檢資料庫建立相關事項。
(五) 關於癌症篩檢資料之分析與維護事項。
(六) 關於檳榔健康危害防制及其他癌症防治之衛生教育宣導事項。
(七) 關於癌症篩檢及宣導之其他臨時交辦事項。
二、第二科 (癌症診療科) ：
(一) 關於癌症登記與診療等政策規劃、推動與督導事項。
(二) 關於癌症登記人員培訓、資料分析、編印年度報告等事項。
(三) 關於癌症防治中心之規劃、推動、督導及評估等事項。
(四) 關於癌症登記、品質保證與安寧療護之調查研究事項。
(五) 關於安寧療護政策之規劃、推動及督導事項。
(六) 關於安寧療護人員培訓及衛教宣導之規劃、推動及督導事項。
(七) 關於癌症登記與診療之其他臨時交辦事項。
三、第三科 (癌症宣導科) ：
(一) 關於強化國人對癌症防治三段五級預防方法之認知事項。
(二) 關於宣導檳榔危害健康及開發拒嚼檳榔介入計畫模式事項。
(三) 關於建立癌症病友支持網絡及結合民間團體提供癌症病友服務事項
。
(四) 關於癌症防治法規定相關政策及癌症防治計畫之施行、監測及追蹤
事項。
(五) 關於癌症防治衛生教育、病友支持之相關研究、人力政策規劃及人
員訓練事項。
(六) 關於癌症防治之國際合作事項。
(七) 關於癌症防治宣導之其他臨時交辦事項。