第七分局掌理事項如下：
一、支援山地離島各種疫病之監視、蒐集、調查、處理及報告事項。
二、協助督導結核病及漢生病（Hansen’s disease） 防治事項。
三、協助督導營業衛生管理事項。
四、支援辦理學童寄生蟲防治工作事項。
五、協助性病及後天免疫缺乏症候群防治衛教宣導及感染者追蹤管理輔導
事項。
六、地方衛生機關性病標準檢驗室疑義、檢體檢驗、複驗、檢體品管測試
及檢查業務輔導事項。
七、人類免疫缺乏病毒之確認鑑定檢驗事項。
八、地方衛生機關性病檢驗試劑及耗材等購置、撥配事項。
九、其他有關防疫及行政管理事項。