本局設下列分局，辦理所轄地區之全民健康保險業務：
一、台北分局：
台北、基隆、宜蘭、金門及馬祖地區。
二、北區分局：
桃園、新竹及苗栗地區。
三、中區分局：
台中、彰化及南投地區。
四、南區分局：
嘉義、雲林及台南地區。
五、高屏分局：
高雄、屏東及澎湖地區。
六、東區分局：
花蓮及台東地區。