船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區固定航線業務者，應檢附海運直航固定航線申請書、營業計畫書、船舶一覽表、運價表、船期表、船舶適航證明文件及其他相關文書，申請航港局核轉交通部許可；許可內容變更時，亦同。
船舶運送業申請經營非固定航線業務者，應檢附海運直航非固定航線申請書、營業計畫書及相關文書，逐船逐航次向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。
船舶運送業申請經營之運送客貨大陸船舶航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，應檢附申請書及相關文書，向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。
前項許可期間，以六個月為限，並得於期限屆滿十五日前重新申請許可。