運務處分設營業、運轉、綜核三科分別掌理下列事項：
一、營業科
（一）列車運輸系統之規劃及運輸績效之統計。
（二）客運一般業務之策劃與辦理。
（三）客運規章之擬（修）訂、解釋，客運運價建議、分析。
（四）客運票務之相關業務、票證使用設計及請領之核定。
（五）站車秩序相關業務、旅客投訴及輿論、建議案件處理。
（六）對號列車座號分配調撥、對號列車團體票受理、電腦售票檔案建檔。
（七）站車客運服務業務、播音規劃建置。
（八）站車服務人員在職訓練、督導、考核。
（九）站內及非行車事故傷亡案件處理。
（十）貨運規章之擬（修）訂、解釋；運價建議、分析及業務督考、促銷計劃研訂。
（十一）專用側線相關事項擬（修）訂，自備貨車及租車業務之會辦及軍事業務、行包事故處理與防止。
（十二）鐵路觀光旅遊業務之規劃與辦理。
（十三）其他交辦事項。
二、運轉科
（一）運轉規章增修訂及疑義之解釋。
（二）行車保安裝置新設改善之規劃及審核。
（三）站場路線軌道之新設及改善規劃及審查。
（四）平交道保安設備改善之規劃及審核配合事宜。
（五）行車事故調查及處理。
（六）行車事故統計。
（七）行車員工在職訓練、督導、考核。
（八）行車事故死亡者之慰問金及撫卹賠償等之協調議辦。
（九）行車事故本局所受損失案涉兩單位（處）以上之彙總索賠及和解案件議辦。
（十）其他交辦事項。
三、綜核科
（一）運務處暨各分支機構人力運用、工作班制之規劃訂定、執行、考核等相關業務。
（二）運務處暨各分支機構常年一般暨專業教育訓練。
（三）運務處文書處理、庶務管理、廳舍管理、工程預算編列執行。
（四）運務處年度預算編列、執行、控管、帳務管理。
（五）運務處財產管理、物料之請購、配發與運用。
（六）車站空調設備、公務車輛等請購管理維修及油料、油脂費用預算編列控管調配。
（七）其他交辦事項。