本局會計室分設一、二、三、四科分別掌理下列事項：
一、第一科
（一）年度預（概）算、分期實施計畫收支等之籌劃、研議、分析、編報。
（二）專案投資計畫財務效益之審核。
（三）主計人員任免、遷調、考核、獎懲之擬議辦理。
（四）會計文書、檔案管理。
（五）其他交辦事項。
二、第二科
（一）預算控制及保留。
（二）各項經費之核簽、收支憑證之審核、記帳憑證之編製。
（三）各項採購案之會核、監辦。
（四）所屬單位會計業務之督導及查核。
（五）各單位帳務查核。
（六）其他交辦事項。
三、第三科
（一）會計制度之擬（修）訂。
（二）會計報告與結、決算之彙核及編製。
（三）財產、材料增減及財產折舊攤提之審核。
（四）會計簿籍之核對與會計憑證、報表、帳冊之裝訂及保管。
（五）上級機關、審計機關查核之處理及協調。
（六）其他交辦事項。
四、第四科
（一）公務統計方案之研擬與報表之增、修、刪、審核及編報。
（二）統計資料之蒐集、整理、提供及發布。
（三）統計調查實施計畫之擬訂、執行及研究分析。
（四）統計工作稽核及複查。
（五）應用統計分析報告之編撰。
（六）統計書刊之籌編、印行及管理。
（七）其他交辦事項。