秘書室設文書、研考、公關、事務、出納、財產六科及診療所，掌理下列事項：
一、各種會報彙辦及首長簡報製作事項。
二、分層負責及權責劃分事項。
三、施政計畫、工作考成、行政革新、為民服務、人民陳情及出國報告事項。
四、動員準備業務事項。
五、印信典守、文書流程管理、文書處理、檔案管理及文書保密事項。
六、新聞、國會聯繫、參觀接待、睦鄰業務等公共關係事項。
七、港埠設備資料拍攝保存及港史館展覽事項。
八、宣傳刊物編撰事項。
九、國際港埠協會、姊妹港及慶典活動事項。
十、財產、房地之登記、管理及保險事項。
十一、眷舍、宿舍、辦公廳舍營繕、維護及使用管理事項。
十二、財物、事務用品採購、變賣事項。
十三、現金出納、有價證券保管品及出納帳冊報表處理事項。
十四、營業稅申報事項。
十五、診療業務事項。
十六、不屬於其他各組、室事項。
十七、其他交辦事項。