業務組分設三科，各科掌理事項如下：
一、財務科：
(一) 國道基金財務計畫修訂之研擬事項。
(二) 國道基金資金管理、運用、查核事項。
(三) 國道基金短、長期資金籌措及償還事項。
(四) 國道建設、營運計畫之財務收支規劃及審議事項。
(五) 通行費費率之研擬、調整事項。
(六) 其他交辦事項。
二、稽核科：
(一) 收費作業規章之研擬修訂事項。
(二) 收費作業之規劃及督導考核事項。
(三) 收費站年度概算編製之彙整及審核事項。
(四) 收費票證之管理事項。
(五) 其他交辦事項。
三、營運科：
(一) 服務區營運管理作業規章之研擬修訂事項。
(二) 服務區委外營運管理及督導事項。
(三) 服務區、路側停車場營運設施規劃之審核及督導事項。
(四) 加油 (氣) 站營運管理及督導事項。
(五) 其他交辦事項。