本局會計室職掌如左：
一、歲入歲出概算之籌編及預算之編製分配事項。
二、本局預算以外之補助經費、專案經費、代辦經費、預算會核處理事項。
三、申請動支預備金之核簽及編報事項。
四、財物、財務之審核事項。
五、招標、比價、議價、財物驗收等監辦事項。
六、各項經費之核簽、支出憑證之審核、款項收支處理事項。
七、付款憑單、轉帳憑單、支出收回書、繳款書或收支及轉帳傳票等之編製事項。
八、序時帳簿、總分類帳、明細分類帳簿、統制帳、補助帳、備查簿等之登記、結算、整理及懸記帳款之清理事項。
九、會計報告之月報及年終決算之編報事項。
十、歲出應付款之保留申請核辦事項。
十一、經費流用之處理事項。
十二、會計憑證、報表、帳簿等之整理保管及報請審計機關核銷事項。
十三、公務統計、資料蒐集、統計報告等之會核、分析、編報等事項。
十四、績效報告之彙編事項。
十五、其他有關歲計、會計、統計交辦事項。