飛航管制組職掌如下：
一、飛航管制、航空通訊、航空氣象、飛航情報、防止鳥類侵入等業務之規劃、規章研訂及研究改進事項。
二、飛航情報區空域運用、航管系統及其助航設施佈署之規劃事項。
三、飛航服務標準之研訂事項。
四、飛航服務之督導及其改進建議處理事項。
五、航路設立及航路終端區域圖籍之訂製事項。
六、機場起降地區內有關禁限建範圍之建築物及障礙物高度會同審核事項。
七、機場禁限建範圍外影響儀器離到場作業之超高建築物審查事項。
八、航空無線電頻率之申請、分配及協調事項。
九、飛航服務平面通訊裝備需求計劃事項。
十、航空器電臺查驗給證及空用通訊電子裝備進出口護照申請案件之審查與核轉事項。
十一、飛航指南之編纂及修訂頒發事項。
十二、第二類飛航公告及航空公報之辦理與頒發事項。
十三、飛航管制、航空通訊、航空氣象及飛航情報人員訓練標準之釐訂事項。
十四、飛航管制違規事件之處理事項。
十五、飛航測試及航空器失事會辦事項。
十六、航空站或飛行場四週防止飛鴿及其他鳥類侵入工作之辦理事項。
十七、其他交辦事項。