船舶管理所 (以下簡稱本所) 設各課、隊、室，分別掌理下列事項：
一、調度課：港勤船舶及及帶解纜、給水人員之調派與連繫等事項。
二、維護課：港勤船隻之維護及檢修等事項。
三、勞工安全衛生管理課：勞工安全衛生管理事項。
四、繫纜隊：商船靠泊帶纜、啟碇解纜及繫泊浮筒等事項。
五、港勤隊：港航、公務、裝卸、浚港分隊船員管理、督導考核及助勤調
派與船舶組合作業之計畫釐訂與指揮等事項。
六、總務室：文書、庶務、出納、財產及物料管理等事項。