特約檢驗申請案件之檢驗方式，除第二條第二款漁船漁獲物採書面審查外，由檢驗機關依風險管理原則採逐批查驗、抽批查驗、逐批查核、抽批查核或書面審查。各檢驗方式如下：
一、逐批查驗：每批須經書面審查、現場查核及取樣檢驗確認符合規定。
二、抽批查驗：抽中批須經書面審查、現場查核及取樣檢驗確認符合規定。未抽中批者，採書面審查。
三、逐批查核：每批須經書面審查及現場查核確認符合規定；必要時得取樣檢驗。
四、抽批查核：抽中批須經書面審查及現場查核確認符合規定；必要時得取樣檢驗。未抽中批者，採書面審查。
五、書面審查：審查產品或原料符合輸入國之管理規定或要求，並確認應備文件符合規定；必要時得現場查核或查驗。
廠商一年內特約檢驗案件最近六批經取樣檢驗均符合規定者，得於申請特約檢驗時一併申請先放後驗。經檢驗機關依前項第二款進行抽批查驗，抽中批者，於取樣檢驗結果完成前，得先發給特約檢驗證書，檢驗結果則作為後續調整風險管理原則之依據。必要時，得將檢驗結果通知輸入國。
標準局得依輸入國規定或國內外產品衛生安全資訊調整第一項檢驗方式。