有限合夥創投事業依適用辦法第六條第二項規定申請核定，經中央主管機關核定不符合本條例第二十三條之一第一項規定，如該不符合規定年度之盈餘，已於中央主管機關核定日前分配予合夥人，且已逾所得稅法規定股利憑單申報期限、扣繳稅款繳納期限及扣繳憑單申報期限，應於第六條第一項規定期限內，依下列規定辦理：
一、合夥人為我國境內居住之個人及總機構在我國境內之營利事業時，有限合夥創投事業應將已分配之盈餘依規定格式填具股利憑單及全年股利分配彙總資料，向稅捐稽徵機關辦理補申報，並填發股利憑單予合夥人。
二、合夥人為非我國境內居住之個人及總機構在我國境外之營利事業時，扣繳義務人應將已分配之盈餘依規定扣繳率扣取稅款，並向國庫繳清及開具扣繳憑單向該管稅捐稽徵機關申報核驗後，填發合夥人。
有限合夥創投事業及其扣繳義務人依前項規定期限辦理者，得免加計利息並免依所得稅法第一百十四條或第一百十四條之三規定處罰。