秘書室設四科，各科分別掌理下列事項：
一、文書科
（一）文件收發、登記、分配事項。
（二）印信典守事項。
（三）公文之繕印校對事項。
（四）檔案文卷之點收、稽催、分類、編卷、處理與影像建立及線上查詢。
（五）公文稽催時效管制等事項。
（六）文書資訊管理系統之處理事項。
（七）其他有關文書業務事項。
二、管理科
（一）採購案件之登記、審查及管制。
（二）採購專業審查委員會之秘書作業。
（三）財物採購之招標、訂約、履約管理及協助驗收。
（四）工程、勞務採購之招標、訂約。
（五）財物及勞務採購案之經費結報。
（六）採購招標及履約爭議處理。
（七）採購文件之保存管理事項。
（八）財產、物品之登記、分類及管理。
（九）財產、物品之調配、清點、保險、庫儲管理、報廢會辦及廢品處理事項。
（十）不動產之管理事項。
（十一）採購、財產、物品管理業務之電腦化規劃。
（十二）代辦其他機關委託之採購及財產管理。
（十三）其他有關財產及採購管理業務事項。
三、事務科
（一）行政管理經費之編列及管制。
（二）技工、工友之管理。
（三）公務車輛之管理調派。
（四）防護團綜合業務。
（五）員工活動中心管理。
（六）公務出國手續之洽辦。
（七）警衛管理及督導。
（八）門禁管制。
（九）宿舍（含招待所）管理事項。
（十）電話交換機管理及管制等事項。
（十一）所區環境清潔及美化綠化。
（十二）有關事務業務事項。
四、出納科
（一）現金、票據、有價證券等之收支、保管及移轉。
（二）現金出納收支備查簿之登載、國庫銀行往來帳單之調節、表報之編造等事項。
（三）員工薪餉、差旅費、加班費等之發放。
（四）所得稅及其他代扣款之扣繳。
（五）各類款項收支帳表之編造。
（六）各類外幣之結匯、購。
（七）其他有關出納業務事項。