秘書室分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於公文程式作業及機要文件處理事項。
(二) 關於院長、副院長對外函件及辭章之撰擬事項。
(三) 關於電信傳遞及保管事項。
(四) 關於公文代字文編配事項。
(五) 關於公文之收文、分文、發文、登記及繕校事項。
(六) 關於檔案整理及保管事項。
(七) 關於印信典守事項。
(八) 關於年度工作概況彙編事項。
(九) 關於與各單位公文之聯繫及協調事項。
(十) 關於本院法制事項。
(十一) 其他臨時交辦事項。
二、第二科：
(一) 關於年度施政計畫之彙編事項。
(二) 關於辦理年度施政計畫執行情形之年終考成事項。
(三) 關於辦理由院列管項目與歷年積極辦理工作項目之追蹤及管制事項
。
(四) 關於年度 (專題) 研究發展之推動及列管事項。
(五) 關於研究發展 (專題) 報告之簽報及獎勵事項。
(六) 關於本院施政之民眾滿意度調查事項。
(七) 關於公文品質時效之管制及考核事項。
(八) 關於本院自行列管項目之選項、追蹤、管制及考核事項。
(九) 關於公文稽催及查核事項。
(十) 關於院務會議之準備工作及紀錄整理事項。
(十一) 其他臨時交辦事項。
三、第三科：
(一) 關於本院新聞發布、國內外新聞傳播機構資料之提供、蒐集、處理
及採訪報導攝影申請等之安排事項。
(二) 關於本院對外公共事務及資源開發事宜。
(三) 關於國內外重要貴賓、機關、團體之接待及安排事項。
(四) 關於國會及其他民意機構聯繫事項。
(五) 其他臨時交辦事項。