委託管理保護契約之變更、終止或解除規定如下：
一、因非可歸責於雙方之天災或其他不可抗力事由，造成水下文化資產之滅失、流失或契約難以執行者，雙方得變更、終止或解除一部或全部契約。
二、因政府政策變更，委託機關得逕行終止或解除一部或全部契約。
三、受託人有下列違失事項之一者，委託機關得終止或解除契約之一部或全部；委託機關因此受有損失者，受託人並應賠償之：
（一）違反目的事業或本法相關法令規定。
（二）違反契約約定之用途或其他事項。
（三）未盡善良管理人之注意，致水下文化資產遭受重大損害或恢復困難。
（四）有應改善事項，經委託機關限期改善，屆期仍未改善或改善仍不符委託機關要求。
（五）於受託期間喪失第十六條資格。