本會設董事會，置董事十三人至十七人，其中一人為董事長，負責綜理會務及主持董事會議，對外代表本會；董事長由董事互選之；董事之成員及產生方式如下：
一、機關代表四人至六人：其中主管機關、財政部、行政院主計處之代表各一人，直轄市及縣（市）政府之代表合計一人至三人。
二、學校法人及私立學校代表合計六人：由主管機關指定全國性之學校法人或私立學校相關團體推舉之。
三、學者、專家及社會公正人士合計三人至五人：由主管機關遴選之。
董事任期三年，由主管機關聘任之，期滿得連任，以一次為限；其連任方式，依前項規定辦理。董事任期屆滿未完成改聘作業前，延長其執行職務至改聘董事就任時為止。