專營電子支付機構應以網路查詢或系統介接方式，與管理銀行建立支付款項帳務核對機制，區分代理收付款項及儲值款項，於每一銀行營業日與管理銀行核對支付款項餘額、各合作帳戶餘額、清算帳戶餘額及在途款項餘額，並留存核對紀錄至少五年。
前項所列餘額之時間，以每日二十三時五十九分五十九秒為基準。
第一項之支付款項帳務核對機制，應由專營電子支付機構開放資訊系統查詢功能，提供管理銀行得隨時進行帳務核對，其核對範圍至少應包括下列項目：
一、代理收付款項金額。
二、儲值款項金額。
三、在途款項金額。
四、提領款項金額。
專營電子支付機構每月應彙總各專用存款帳戶餘額及依主管機關要求報送之資料，於次月起五個銀行營業日內報送管理銀行。
專營電子支付機構如無法就管理銀行依第一項規定之核對結果提出合理說明或證明者，專營電子支付機構應於接獲管理銀行通知之次一銀行營業日內補足款項。