申請設立專區之業者，其資本淨額應在新臺幣五千萬元以上，不足新臺幣五千萬元者，應提供擔保。
符合前項規定者，應備具下列文件及書件向專區所在地海關申請設立專區：
一、申請書：應載明營利事業之名稱、統一編號、地址、電話號碼、負責人姓名、身分證統一編號、電話號碼及其住址。
二、專區所在地商港經營事業機構、交通部航港局或行政院指定機關確認專區土地及建築物使用權之證明文件。
三、封閉型場所平面圖：明確標示專區圍牆等實體隔離設施及警衛哨所之位置。
四、營運規畫書：包括專區地點、擴充能力、建築構造、預估貨物量、經營計畫及團隊、船舶靠泊碼頭、營運財務規劃、營運設施建置時程規劃及其他營運規劃相關文件。
五、通關設備建置書：包括X光檢查儀、進出倉刷碼設備、進倉異常訊息警示系統、監視器錄影系統、X光影像與貨名同步顯示系統及其他通關設備。
六、緝毒犬設施設計圖：包括緝毒犬候勤室、待勤室、適合緝毒犬作業之輸送帶及其他相關設施。
七、檢疫犬設施設計圖：包括檢疫犬備勤室、綜合作業室及其他相關設施。
八、電腦連線及設備規畫書：包括符合海關管理作業需求之資訊系統、電腦備援措施及其他相關軟硬體設備。
九、其他應配合海關查驗及辦理通關需要之設備規畫書。
海關受理專區設立之申請，應成立審查小組進行審查；必要時，得邀請其他機關參與審查。審查作業應於審查書件及證明文件齊備之翌日起三十日內完成，有特殊原因者，得予延長，其延長不得超過三十日。
第二項書件所載設施及設備之詳細需求及前項審查作業相關規定，由財政部關務署公告之。